Phương pháp phổ biến nhất để kiểm tra u nguyên bào gan là xét nghiệm máu kiểm tra mức độ alpha-fetoprotein. Alpha-fetoprotein (AFP) được sử dụng như một chỉ số sinh học để giúp xác định sự hiện diện của ung thư gan ở trẻ em. Khi mới sinh, trẻ sơ sinh có mức AFP tương đối cao, giảm xuống mức trưởng thành bình thường vào năm thứ hai của cuộc đời. Mức bình thường đối với AFP ở trẻ em đã được báo cáo là thấp hơn 50 nanogram trên mililit (ng/ml) và 10 ng/ml ở người lớn. Mức AFP lớn hơn 500 (ng/ml) là một chỉ số đáng kể chỉ ra u nguyên bào gan. AFP cũng được sử dụng như một chỉ số thành công điều trị. Nếu phương pháp điều trị thành công trong việc loại bỏ ung thư, mức độ AFP dự kiến sẽ trở lại bình thường.[12]